1. Monographien:

Der weströmische Senat als Träger antiker Kontinuität unter den Ostgotenkönigen (490-540 n.Chr.). St. Katharinen 1991, VIII u. 388 S.

Computer und antike Texte. Wortrecherche, Konkordanz- und Indexerstellung mit Volltextdatenbanken, (Computer und Antike 1), St. Katharinen 1993, XII u. 234 S. 2. überarbeitete und erweiterte Auflage, mit Angelika Meier, St. Katharinen 2003, XII u. 257 S.

Spitzenmanagement in Republik und Kaiserzeit. Die Prokuratoren von Privatpersonen im Imperium Romanum vom 2. Jh. v.Chr. bis zum 3. Jh. n.Chr., (Pharos. Studien zur griechisch-römischen Antike 10), St. Katharinen 1998, X u. 287 S.

Eumenes von Kardia und der Kampf um die Macht im Alexanderreich, (Frankfurter Althistorische Beiträge 9), Frankfurt 2002, 194 S.

Navis Lusoria – Ein Römerschiff in Regensburg, mit H. Ferkel u. H. Konen, St. Katharinen 2004, 143 S., Abb.

Kleopatra, (Gestalten der Antike), Darmstadt 2006, 336 S.

Lusoria - ein Römerschiff im Experiment. Rekonstruktion - Tests - Ergebnisse, Hamburg 2008, 128 S.

Projekt Römerschiff. Nachbau und Erprobung für die Ausstellung "Imperium Konflikt Mythos - 2000 Jahre Varusschlacht", hrsg. von Ch. Schäfer und R. Aßkamp, Hamburg 2008, 152 S.

2. Ausgewählte Aufsätze:

Zur Sphragis von Sklaven in der lex portorii provinciae Asiae. In: ZPE 86, 1991, S.193–198.

Steuerpacht und Steuerpächter in Sizilien zur Zeit des Verres. In: MBAH XI,2, 1992, S.23–38.

Ch. Schäfer/B. Noack: Solon – Staatsmann und Dichter. Ein Beispiel für interdisziplinäre Zusammenarbeit im Unterricht. In: AU 38, 1995, H.4/5, 120–126.

Actores im Management (land-)wirtschaftlicher Unternehmen bei Cassiodor (6. Jh.). In: K. Ruffing/B. Tenger (Hrsg.): Miscellanea oeconomica. Studien zur antiken Wirtschaftsgeschichte. Festschrift für Harald Winkel zum 65. Geburtstag, St. Katharinen 1997, 135–149.

Procuratores, actores und vilici. Zur Leitung landwirtschaftlicher Betriebe im Imperium Romanum. In: Landwirtschaft im Imperium Romanum, hrsg. v. P. Herz u. G. Waldherr, (Pharos 14), St. Katharinen 2001, 273–284.

Eine Reise entlang des Limes. Zur Konzeption und Entwicklung einer Multimedia-Produktion aus der Perspektive des Althistorikers. In: Alte Geschichte und Neue Medien - Zum EDV-Einsatz in der Altertumsforschung, hrsg. v. M. Hainzmann u. Ch. Schäfer, (Computer und Antike 5), St. Katharinen 2000, 157–166.

Drucker im Zeitalter der Renaissance und ihre Rolle bei der Rettung antiker Texte. Zu den 1545/46 gedruckten Aristoteles-Übersetzungen aus Lyon. In: Vom Text zum Buch, hrsg. v. Ch. Reitz, (Subsidia Classica 3), St. Katharinen 2000, 102–115.

Ch. Schäfer/D. Piesch/H. Baumann, Wissenstransfer mit Authorware für Geschichtsstudentinnen und -studenten. Ergebnisse und Konsequenzen einer interdisziplinären Veranstaltung. In: Electronic Business und Multimedia, hrsg. v. F. Lehner u. R. Maier, (Gabler Edition Wissenschaft: Multimedia und Telekooperation), Wiesbaden 2000, 179–194.

Probleme einer multikulturellen Gesellschaft. Zur Minderheitenpolitik im Ostgotenreich. In: Klio 83, 2001, 182–197.

Die Funktionäre in den societates publicanorum. In: MBAH XX, 2, 2001, 72–80.

Die Rolle der actores in Geldgeschäften. In: Fünfzig Jahre Forschungen zur antiken Sklaverei an der Mainzer Akademie 1950–2000. Miscellanea zum Jubiläum, hrsg. v. Heinz Bellen u. Heinz Heinen, (Forschungen zur antiken Sklaverei 35), Stuttgart 2001, 211–223.

Alexander d.Gr. – der heldenhafte König? In: Quellen in Geschichtswissenschaft und Geschichtsunterricht. Exemplarische Zugänge zur Rekonstruktion von Vergangenheit, hrsg. v. H. Beilner u. M. Langer-Plän, (Regensburger Beiträge zur Geschichtslehrerfortbildung, Bd. 3), Neuried 2004, 6–17.

Die antiken Menschen in ihren Gemeinschaften – Spätantike. In: Oldenbourg Geschichte Lehrbuch. Antike, hrsg. v. E. Wirbelauer, München 2004, 212–224.

Vernetztes Wissen. In: Oldenbourg Geschichte Lehrbuch. Antike, hrsg. v. E. Wirbelauer, München 2004, 481–492.

3. Herausgebertätigkeit (Monographien):

Datenbanken in der Alten Geschichte, hrsg. v. Ch. Schäfer, M. Fell u. L. Wierschowski, St. Katharinen 1994, VI u. 231 S. (Computer und Antike 2).      

Alte Geschichte und Neue Medien – Zum EDV-Einsatz in der Altertumsforschung, hrsg. von Ch. Schäfer u. M. Hainzmann, St. Katharinen 2000, VI u. 183 S. (Computer und Antike 5).

Altertumswissenschaftliche Multimedia-Produktion mit den Autorensystemen Authorware und Director von Macromedia, v. J. Bierweiler u. M. Scholz, hrsg. v. Ch. Schäfer u. P. Kehne, St. Katharinen

Digitalisierte Vergangenheit. Datenbanken und Multimedia von der Antike bis zur frühen Neuzeit, hrsg. v. Ch. Schäfer u. F. Krüpe, Wiesbaden (Harrassowitz Verlag) 2004, ca. 200 S. (Philippika. Marburger altertumskundliche Abhandlungen 5)en 2003, IX u. 142 S. (Computer und Antike 7).

3. Herausgebertätigkeit (Reihen):

Pharos. Studien zur griechisch-römischen Antike (Pharos) mit Hans-Joachim Drexhage und Peter Herz, St. Katharinen 1992 ff. (In der Reihe sind bislang 17 Bände erschienen.)

Computer und Antike (CuA) mit Oliver Stoll, St. Katharinen 1993 ff. (In dieser Reihe sind bislang 7 Bände erschienen.)

Subsidia Classica mit Vera Binder (Sprachwissenschaft), Konrad Hitzl (Archäologie), Beate Noack (Griechische Philologie), Rolf Puster (Antike Philosophie) und Christiane Reitz (Lateinische Philologie), St. Katharinen 1999 ff. (Bislang sind 7 Bände erschienen.)